Des chercheurs indonésiens ont isolé deux orthorévirus de type Pteropine (PRV) chez des chauves-souris frugivores vendues pour la consommation humaine dans la province de Java-Ouest. Ces virus ont été détectés chez Rousettus amplexicaudatus, une espèce de chauve-souris qui n’avait jusqu’alors pas été identifiée comme hôte des PRV, et présentaient un lien génétique avec des souches déjà associées à des infections respiratoires chez l’homme. Ces résultats renforcent les inquiétudes concernant le commerce d’animaux sauvages, considéré comme un vecteur direct de transmission zoonotique.
L’étude a analysé 182 chauves-souris frugivores collectées en 2020-2021 sur des marchés d’animaux et auprès de fournisseurs à travers Java. Quatre espèces étaient représentées, dont 96 R. amplexicaudatus. Deux isolats viraux ont été récupérés chez des chauves-souris provenant d’un collecteur à Cianjur, dans l’ouest de Java, où ces animaux étaient vendus pour la consommation humaine.
Une famille de virus zoonotiques déjà associée à des maladies respiratoires
Les orthorévirus Pteropine sont des virus à ARN double brin segmenté principalement associés aux chauves-souris frugivores. Leur potentiel zoonotique est reconnu depuis l’identification du virus Melaka en 2006, lorsqu’une infection chez une personne exposée à une chauve-souris frugivore a provoqué de la fièvre et des symptômes respiratoires. D’autres orthorévirus de la famille des PRV, notamment les souches Kampar, Sikamat et Miyazaki-Bali, ont par la suite été identifiés chez des patients atteints de maladies respiratoires.
L’Indonésie a déjà révélé plusieurs orthorévirus de la famille des PRV associés aux chauves-souris, notamment les orthorévirus Garut-69 et Paguyaman. Une infection expérimentale avec ce dernier a provoqué une pneumonie grave chez des souris, ce qui vient étayer les preuves selon lesquelles les membres de ce groupe peuvent infecter des hôtes mammifères autres que les chauves-souris.
Un nouvel hôte chauve-souris pour le PRV
Les deux nouveaux isolats, PRV/SJD-K30/ID/2021 et PRV/SJD-K50/ID/2021, ont tous deux été isolés chez R. amplexicaudatus. Ce résultat est significatif, car cette chauve-souris frugivore très répandue n’avait jusqu’alors jamais été signalée comme hôte d’orthorévirus, malgré sa présence fréquente à proximité des zones habitées et son implication dans la chasse, le commerce et la consommation. L’espèce revêt également une importance écologique en tant que pollinisatrice et disperseuse de graines, ce qui souligne la nécessité d’une surveillance ciblée plutôt que d’une lutte aveugle contre les chauves-souris.
La génomique met en évidence des lignées zoonotiques
Les chercheurs ont isolé neuf des dix segments génomiques du virus.
Sur la plupart des segments, les deux isolats présentaient une identité de plus de 99 à 100 %, mais celle-ci tombait à environ 88,9 % pour le segment S2, ce qui suggère un éventuel réassortiment entre des PRV circulant localement. Les auteurs soulignent toutefois que l’ambiguïté des séquences limite la force de cette conclusion.
Les analyses phylogénétiques ont systématiquement classé les virus au sein du groupe des PRV et ont montré des liens étroits avec les virus Melaka, Pulau, Cangyuan et Garut-69. Plusieurs segments génomiques étaient plus étroitement apparentés au Garut-69, une souche indonésienne associée aux chauves-souris et liée, dans cette étude, à un risque zoonotique.
Les orthorévirus possédant des génomes segmentés, le réassortiment peut générer de nouvelles combinaisons de gènes viraux, susceptibles d’influencer la gamme d’hôtes ou la pathogénicité.
Un segment génomique reste introuvable
Les chercheurs n’ont pas pu récupérer le segment S1, qui code pour la protéine d’attachement σC impliquée dans le tropisme cellulaire et la dissémination virale.
Les auteurs attribuent cela principalement à la forte variabilité de S1, à la faible abondance d’ARN ou à des limites techniques du séquençage. Son absence signifie que l’étude ne peut pas caractériser pleinement les déterminants potentiellement impliqués dans la spécificité de l’hôte. Ils recommandent une amplification ciblée de ce segment lors des futures surveillances.
Le commerce d’animaux sauvages crée une interface à haut risque
L’étude ne démontre pas que des personnes aient été infectées par ces chauves-souris en particulier. De même, la détection du PRV n’implique pas que chaque personne exposée courre un risque substantiel. Ce qu’elle montre, en revanche, c’est que des PRV infectieux étroitement apparentés à des virus zoonotiques connus circulent chez des chauves-souris entrant dans la chaîne alimentaire humaine.
Les auteurs appellent donc à une surveillance génomique continue sur les marchés et autres lieux où les chauves-souris, les commerçants, les consommateurs et la faune sauvage interagissent.
La surveillance des virus d’animaux sauvages ne devrait pas se concentrer uniquement sur les menaces pandémiques les plus connues. Des virus de chauves-souris moins connus, tels que les PRV, pourraient déjà posséder la capacité d’infecter l’homme, et les marchés où les animaux sauvages sont manipulés et consommés constituent précisément les points de contact où leur émergence est la plus susceptible de se manifester.
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