Les interfaces entre la faune sauvage, le bétail et l'homme jouent désormais un rôle central dans la prévention des maladies émergentes

Une nouvelle étude soutient que la prochaine génération de mesures de prévention des maladies infectieuses doit se concentrer plus explicitement sur les zones où se croisent la faune sauvage, le bétail, les populations humaines et les environnements modifiés. La déforestation, l’expansion agricole, le changement climatique, l’urbanisation, le commerce d’animaux sauvages et les mouvements mondiaux redéfinissent ces interfaces et multiplient les risques de transmission, de propagation et de réapparition d’agents pathogènes.

Cette étude examine l’interface faune sauvage–bétail–humain (WLHI) en tant que zone épidémiologique critique pour les infections émergentes et réémergentes. Elle combine des données issues d’épidémies mondiales avec des exemples tirés de l’Inde et soutient que la surveillance devrait de plus en plus intégrer les données animales, humaines et environnementales, plutôt que de fonctionner selon des systèmes sectoriels distincts.

La transmission est favorisée par l’évolution des écosystèmes

L’argument central est d’ordre écologique. Les interfaces entre la faune sauvage, le bétail et l’homme apparaissent là où les aires de répartition et l’utilisation des ressources par la faune sauvage, les animaux d’élevage et les populations se chevauchent. La déforestation, la conversion des habitats naturels en terres agricoles et en pâturages, ainsi que la concurrence pour des sources d’eau et de nourriture communes peuvent accroître les contacts directs et indirects entre les espèces. Les agents pathogènes peuvent alors se propager à travers des environnements partagés contaminés par des matières fécales, de la salive, des aérosols ou d’autres matières biologiques, même en l’absence de contact direct entre la faune sauvage et le bétail.

Cette étude identifie le changement climatique, le changement d’affectation des sols, l’intensification agricole, le commerce mondial et le commerce d’animaux sauvages comme des facteurs interdépendants, plutôt qu’indépendants, de l’émergence des maladies.

La faune sauvage reste une source importante de zoonoses émergentes

Les auteurs citent des estimations antérieures indiquant qu’une grande partie des maladies zoonotiques émergentes trouve son origine dans la faune sauvage et s’appuient sur des exemples tels que le virus Ebola, la fièvre du Nil occidental, l’infection à hantavirus, la rage, l’encéphalite japonaise et le virus Nipah pour illustrer différentes voies de transmission.

• Virus Nipah : chauves-souris → porcs → humains ;

• grippe aviaire : oiseaux aquatiques → volailles → humains ;

• virus du Nil occidental : oiseaux → moustiques → humains ;

• encéphalite japonaise : oiseaux aquatiques/porcs → moustiques → humains ;

• hantavirus : rongeurs → humains ;

• peste : rongeurs → puces → humains.

Ces exemples illustrent de manière générale que les réservoirs fauniques sont souvent reliés à l’homme par le biais du bétail, de vecteurs ou d’intermédiaires environnementaux, plutôt que par une simple transmission directe.

Le bétail peut servir de pont épidémiologique

Les animaux domestiques peuvent amplifier la propagation d’agents pathogènes provenant de populations d’animaux sauvages. Cette étude cite l’épidémie de Nipah survenue en Malaisie en 1998-1999 comme exemple classique : des chauves-souris frugivores, dont l’habitat avait été perturbé, ont infecté des porcs, qui ont ensuite transmis le virus aux agriculteurs. La mobilité humaine a ensuite contribué à une propagation plus large.

L’intensification agricole peut renforcer ce rôle de passerelle. De fortes concentrations d’animaux génétiquement similaires peuvent faciliter la transmission dès qu’un agent pathogène pénètre dans un troupeau, tandis que les exploitations situées à proximité d’habitats fauniques peuvent créer des occasions répétées d’exposition interespèces.

Ce mécanisme s’applique bien au-delà des zoonoses. L’étude cite également des maladies animales d’importance économique telles que la peste porcine africaine, la fièvre aphteuse et la peste des petits ruminants comme exemples dans lesquels les interactions entre la faune sauvage et le bétail peuvent influencer la persistance ou la propagation de la maladie.

Le changement climatique modifie la répartition géographique des vecteurs et des réservoirs

Les changements environnementaux peuvent également modifier le risque de maladie sans nécessiter de contact physique plus étroit entre la faune sauvage et les exploitations agricoles. La hausse des températures et l’évolution des régimes pluviométriques peuvent étendre l’aire de répartition géographique des moustiques et d’autres arthropodes vecteurs, et raccourcir les délais de développement des agents pathogènes au sein de ces vecteurs. Cette étude établit un lien entre ces processus et les changements observés dans la répartition de maladies telles que le paludisme et la dengue. Les variations climatiques peuvent également affecter les populations de rongeurs et, par conséquent, l’exposition humaine aux hantavirus.

La fragmentation des habitats peut produire des effets tout aussi complexes. L’évolution des relations prédateurs-proies, de la densité de la faune sauvage et de la biodiversité peut modifier l’abondance des hôtes réservoirs et des vecteurs compétents.

La résistance aux antimicrobiens s’inscrit dans ce même cadre

L’interface entre la faune sauvage et le bétail ne se limite pas aux virus et aux zoonoses classiques. Cette étude classe la résistance aux antimicrobiens parmi les principaux facteurs liés aux agents pathogènes qui contribuent au risque de maladies émergentes. Les bactéries résistantes peuvent circuler entre le bétail, la faune sauvage, les humains, les denrées alimentaires et les environnements contaminés.

Les auteurs soulignent l’émergence du gène mcr-1 de résistance à la colistine, décrit pour la première fois en Chine en 2015 chez des porcs, dans des produits alimentaires et chez l’homme, comme illustration de la propagation intersectorielle. Il en résulte que la surveillance de la RAM devrait de plus en plus intégrer les réservoirs environnementaux et animaux plutôt que de rester principalement centrée sur les hôpitaux.

Les zones tampons pourraient devenir un outil de prévention important

L’une des recommandations les plus marquantes concerne les zones tampons écologiques. Les auteurs affirment que le maintien ou la restauration de zones de transition entre les habitats naturels, les élevages et les établissements humains peut réduire certaines occasions de contact interespèces. Ils citent des régions de l’Inde où la déforestation, l’expansion agricole et le pâturage du bétail à proximité d’habitats riches en faune sauvage ont accru les interactions entre les animaux et les humains.

Cette étude établit spécifiquement un lien entre l’épidémie de Nipah de 2018 au Kerala et des paysages où des vergers, des établissements humains et des gîtes de chauves-souris coexistaient à proximité immédiate, illustrant ainsi comment la configuration environnementale peut influencer le risque de transmission interespèces.

La surveillance reste trop fragmentée

La principale faiblesse opérationnelle identifiée par les auteurs est la fragmentation de la surveillance. La médecine humaine, les services vétérinaires, le suivi de la faune sauvage et la surveillance environnementale collectent souvent des informations séparément. L’étude soutient que les futurs systèmes devraient intégrer les données épidémiologiques, vétérinaires, relatives à la faune sauvage et environnementales, idéalement en y associant la génomique des agents pathogènes et des études écologiques longitudinales.

Les auteurs préconisent également le partage des données en temps réel, la mise en place de capacités de diagnostic rapide dans les zones rurales, une formation coordonnée des vétérinaires, des professionnels de santé et des spécialistes de l’environnement, ainsi qu’un renforcement des échanges internationaux d’informations sur les épidémies.

La surveillance moléculaire des eaux usées et de l’environnement, notamment par qPCR et PCR numérique, est citée comme un outil complémentaire de plus en plus utile pour détecter les agents pathogènes en circulation avant que la surveillance clinique conventionnelle n’identifie des épidémies de grande ampleur.

Cette étude plaide en fin de compte pour un changement d’orientation. La plupart des systèmes de lutte contre les maladies ne se mobilisent pleinement qu’une fois l’infection détectée chez le bétail ou chez l’homme. Or, à ce stade, l’agent pathogène a peut-être déjà franchi les barrières écologiques et inter-espèces. Une stratégie plus préventive concentrerait la surveillance avant la transmission à l’homme, en particulier dans les paysages subissant des changements écologiques rapides, les zones d’élevage intensif, les points chauds de biodiversité et les régions où la faune sauvage, les animaux d’élevage et les humains partagent régulièrement des ressources.

Néanmoins, les infections émergentes sont rarement la conséquence d’un seul facteur isolé. Elles résultent de la convergence entre la biologie des agents pathogènes, les populations animales, le comportement humain et les changements environnementaux.