Les épidémies de fièvre aphteuse survenues en 2026 à Chypre et sur l’île grecque de Lesbos ne doivent plus être considérées comme des cas isolés en Europe. Le génotypage viral les situe dans un contexte épidémique SAT1/III beaucoup plus vaste s'étendant à travers l'Asie occidentale, tandis que la Turquie, où le SAT1 a refait son apparition en 2025 après environ six décennies, est devenue une interface épidémiologique et vaccinale majeure entre le Moyen-Orient et l'Europe. Il est important de noter que le séquençage met en évidence des liens génétiques, mais ne prouve pas encore l’existence d’une voie de transmission directe de la Turquie vers Chypre puis vers la Grèce.
Le SAT1 a connu une expansion géographique exceptionnelle depuis 2025. L’OIE signale les premières apparitions en Irak, au Koweït, en Égypte et en Azerbaïdjan en 2025, suivies en 2026 par Israël, Chypre, la Palestine, la Chine et la Mongolie. La Turquie, le Liban et la Grèce ont à nouveau signalé la présence du SAT1 après environ 60 ans d’absence.
Le séquençage apporte une image beaucoup plus claire
Il existe désormais des preuves génomiques concernant le virus chypriote. Le laboratoire de référence de l’UE a identifié le virus comme étant le virus de la fièvre aphteuse SAT1, topotype III. Son rapport de génotypage de février 2026 a révélé qu’il était étroitement apparenté aux virus SAT1/III récemment détectés en Azerbaïdjan, en Iran, en Israël, au Liban et en Turquie.
La Grèce a également signalé que le virus de Lesbos était de type SAT1/III. Les autorités britanniques chargées de la santé animale considèrent actuellement que les cas de Chypre et de Lesbos relèvent du même topotype, tandis que les enquêtes se poursuivent pour déterminer si les deux foyers européens sont directement liés sur le plan épidémiologique.
Au moins deux topotypes SAT1 ont récemment circulé dans l’ensemble de la région : SAT1/I et SAT1/III. La FAO décrit spécifiquement leur co-circulation comme une complication supplémentaire du tableau épidémiologique régional.
Une anomalie génomique inhabituelle concerne également le SAT1/III. Le laboratoire de référence mondial pour la fièvre aphteuse a signalé que les séquences du SAT1/III détectées en Iran et en Turquie étaient distinctes des virus de terrain SAT1/I et étroitement apparentées à la souche BOT/1/77, utilisée comme souche mère pour la fabrication de vaccins. Le laboratoire a indiqué que cette découverte nécessitait une enquête urgente, notamment pour déterminer si le virus vaccinal aurait pu se propager dans la nature à la suite d’un incident de fabrication ou d’un vaccin incomplètement inactivé. Il s’agit là d’une hypothèse d’enquête, et non d’une origine avérée de l’épidémie.
La Turquie est bien plus qu’un simple pays voisin
La Turquie a de nouveau détecté le virus SAT1 en 2025, sa première apparition signalée depuis 1965. L’ampleur de la réponse turque illustre pourquoi ce pays revêt une telle importance pour la situation régionale. Le ministère de l’Agriculture indique que 23,8 millions de doses de vaccin contre la fièvre aphteuse ont été distribuées en 2025, tandis que le taux de vaccination des bovins lors de la première campagne a atteint 92 %.
La vaccination reste une politique nationale active en 2026. La campagne d’automne se déroule du 14 septembre au 13 novembre, et les bovins circulant d’une province à l’autre doivent avoir reçu un vaccin contenant le SAT1 au cours des six mois précédents, avec un délai d’au moins 21 jours après la vaccination.
La Turquie présente un environnement épidémiologique fondamentalement différent de celui des pays de l’UE auparavant indemnes de fièvre aphteuse : vaccination généralisée, populations très importantes de bovins et de petits ruminants, mouvements internes intenses d’animaux et proximité des régions d’Asie occidentale où circulent plusieurs lignées du virus de la fièvre aphteuse.
La FAO a signalé une réduction marquée des foyers de SAT1 en Turquie après la vague initiale de 2025, mais la Turquie fait toujours partie du système régional SAT1/I–SAT1/III. Le pays compte également des zones reconnues indemnes de fièvre aphteuse où la vaccination est pratiquée, ce qui renforce encore son rôle à la fois d’interface épidémiologique potentielle et de zone tampon entre les régions infectées et l’Europe.
Chypre : 121 foyers et vaccination à l’échelle de l’île
La République de Chypre a confirmé la présence de la fièvre aphteuse en février 2026, ce qui a entraîné la suspension, à compter du 19 février, de son statut de pays indemne de fièvre aphteuse sans vaccination auprès de l’OIE. Le foyer s’est ensuite étendu à grande échelle. La surveillance vétérinaire britannique recense actuellement 121 foyers touchant des bovins, des ovins, des caprins et des porcins.
La réponse européenne est également allée bien au-delà du simple abattage sanitaire. La Commission a fourni 1,029 million de doses de vaccin SAT1 provenant de la banque d’antigènes de l’UE, dont 500 000 le 13 février et 529 000 supplémentaires le 28 février.
La vaccination a été mise en œuvre à Chypre, et la législation de l’UE adoptée le 28 septembre définit toujours l’ensemble du territoire chypriote comme une zone de vaccination. Le reste du territoire, situé en dehors des zones de protection et de surveillance actuelles, est également maintenu en tant que zone soumise à des restrictions supplémentaires, tandis que les zones spécifiques de protection et de surveillance de Larnaca restent applicables jusqu’au 31 décembre 2026.
Chypre gère désormais le SAT1 grâce à une combinaison de vaccination, de contrôles des déplacements, d’abattage, de désinfection et de remise en état progressive des exploitations. Le pays entre déjà dans une phase de reconstruction. Le gouvernement chypriote a mis en place des procédures de repeuplement des exploitations qui ne peuvent être appliquées qu’après avoir démontré que les locaux sont exempts de la maladie et conformes aux exigences de biosécurité.
Grèce : Lesbos continuait de générer de nouveaux foyers en septembre
La Grèce a confirmé la présence de la fièvre aphteuse à Lesbos les 15 et 16 mars, perdant ainsi son statut de pays indemne de fièvre aphteuse sans vaccination auprès de l’OIE à compter du 15 mars 2026.
Le foyer ne s’est pas limité aux cas décrits dans la littérature scientifique de juillet. Le 21 septembre, la Commission européenne a explicitement signalé que de nouveaux foyers de fièvre aphteuse s’étaient déclarés à Lesbos, nécessitant une nouvelle extension et un redécoupage des zones de protection et de surveillance. Les données nationales grecques illustrent également l’ampleur des opérations de lutte. Au 21 septembre, des dossiers d’indemnisation avaient été préparés pour 143 exploitations d’élevage et 46 124 animaux déjà abattus, ce qui représentait 7,73 millions d’euros d’indemnités.
Les zones de restriction sur Lesbos étaient toujours officiellement en vigueur fin septembre, ce qui confirmait que l’épidémie constituait toujours un problème sanitaire animalier actif plutôt qu’un événement historique clos.
Contrairement à Chypre, les documents officiels de l’UE examinés ici ne fournissent aucune preuve comparable d’une campagne de vaccination d’urgence contre le SAT1 à l’échelle de l’île de Lesbos. La Grèce a continué de s’appuyer principalement sur l’abattage sanitaire, les restrictions de déplacement, la surveillance, la biosécurité et le zonage.
Le séquençage prouve-t-il que la Turquie a contaminé Chypre et la Grèce ?
Non ! Mais trois constatations distinctes :
Le SAT1/III a été identifié en Turquie et dans le cadre de l’épidémie plus large touchant l’Asie occidentale.
Le virus SAT1/III chypriote est génétiquement très proche des virus provenant de Turquie et de plusieurs autres pays d’Asie occidentale.
Lésbos est également touchée par le SAT1/III.
Ce qui n’a pas été démontré, c’est la chaîne de transmission exacte. Les séquences disponibles ne permettent pas actuellement de déterminer si Chypre a été contaminée directement depuis la Turquie, via un autre pays, par le biais de produits d’origine animale ou de vecteurs contaminés, ou par une autre voie. Elles ne prouvent pas non plus que l’épidémie de Lesbos trouve son origine à Chypre ou directement en Turquie.
Un système SAT1 de Méditerranée orientale est en train d’émerger
Le SAT1/III appartient à une lignée d’Asie occidentale beaucoup plus vaste qui s’est désormais étendue à la Méditerranée orientale. La Turquie se trouve au cœur de ce contexte en raison de sa géographie, de son cheptel, de ses réseaux de circulation et de ses efforts continus en matière de vaccination.
Parallèlement, la co-circulation des souches SAT1/I et SAT1/III signifie qu’une surveillance fondée uniquement sur le sérotypage n’est plus suffisante. Une caractérisation génomique complète, un partage rapide des séquences et un traçage épidémiologique sont essentiels pour distinguer les introductions isolées de la transmission régionale ultérieure.
Et maintenant ? Comment les différentes lignées SAT1 se déplacent-elles à l’interface Turquie–Asie occidentale–Méditerranée orientale, et quelles voies sont responsables de ces incursions persistantes ?
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