Le virus H5N5 a traversé l'Atlantique au moins neuf fois avant la première infection humaine connue

Une nouvelle prépublication sur bioRxiv, qui retrace l’évolution mondiale de la grippe aviaire H5N5, suggère que le virus a traversé l’Atlantique au moins neuf fois par l’intermédiaire d’oiseaux marins et d’oiseaux de rivage des hautes latitudes avant de provoquer la première infection humaine connue dans l’État de Washington en 2025. Cette étude révèle une écologie et un schéma migratoire nettement différents de ceux des virus H5N1 dominants et suggère que le virus H5N5 a circulé en Amérique du Nord pendant environ un an avant de se transmettre à l’homme.

Le H5N5 est resté un sous-type de grippe aviaire relativement méconnu jusqu’en novembre 2025, date à laquelle il a été identifié chez un habitant de l’État de Washington qui a développé une maladie respiratoire grave et est décédé par la suite. Cette infection constituait le premier cas humain documenté de grippe A(H5N5) au monde. Jusqu’alors, les virus H5N5 avaient principalement été détectés chez des oiseaux marins et des oiseaux de rivage vivant sur la côte atlantique et dans des environnements de hautes latitudes.

Les chercheurs ont désormais analysé 354 génomes viraux H5N5 collectés à l’échelle mondiale afin de reconstituer la manière dont ces virus se sont déplacés entre l’Europe et l’Amérique du Nord pour finalement atteindre la côte pacifique des États-Unis.

Au moins neuf introductions transatlantiques

La reconstruction phylogénétique a permis d’identifier au moins neuf mouvements distincts de virus H5N5 à travers l’Atlantique. Plutôt que de refléter une seule introduction réussie suivie d’une propagation locale, les résultats suggèrent des échanges répétés de virus entre les continents. Ces introductions étaient plus fréquentes en automne et au printemps, ce qui correspond aux périodes de migrations majeures.

L’étude met particulièrement en avant les oiseaux marins et les oiseaux de rivage des hautes latitudes comme hôtes importants transportant le virus H5N5 entre les continents. Une voie de transmission plausible implique des oiseaux traversant les régions arctiques et subarctiques, où des populations originaires de différents continents peuvent se croiser pendant la reproduction, les étapes de repos ou la migration.

Ces liens écologiques pourraient permettre aux virus grippaux de se propager entre les populations d’oiseaux d’Europe et d’Amérique du Nord par des voies différentes de celles généralement associées au virus H5N1.

Une écologie différente de celle du H5N1

L’une des conclusions les plus importantes est que le H5N5 semble présenter une écologie géographique et des hôtes distincts par rapport aux lignées dominantes du H5N1. Le clade 2.3.4.4b du H5N1 s’est largement propagé parmi les oiseaux aquatiques et autres oiseaux sauvages et a pénétré à plusieurs reprises dans les populations de volailles et de mammifères. Le H5N5, en revanche, semble particulièrement associé aux oiseaux marins et aux oiseaux de rivage des hautes latitudes.

Cette différence revêt une importance épidémiologique, car l’écologie des hôtes peut fortement influencer la manière dont les virus grippaux se déplacent d’un continent à l’autre, les espèces qu’ils rencontrent et les lieux où des possibilités de réassortiment ou de transmission à l’homme peuvent se présenter. Le sous-type à lui seul ne suffit donc pas à décrire pleinement le comportement d’un virus de la grippe aviaire.

Environ un an de circulation avant le cas humain

Les chercheurs ont également reconstitué une voie probable ayant conduit à l’infection humaine observée à Washington. Leur analyse suggère que le virus H5N5 a atteint l’Amérique du Nord par le biais de mouvements transatlantiques d’oiseaux et a ensuite circulé pendant environ un an avant que le cas humain ne soit identifié.

Le génotype responsable de l’infection à Washington n’avait jamais été répertorié auparavant sur la voie migratoire du Pacifique aux États-Unis. La reconstruction génomique apporte donc la preuve que cette lignée était présente depuis bien plus longtemps que ne le suggérait l’historique des détections connu.

Le premier cas humain de H5N5

L’enquête épidémiologique sur le cas de Washington de 2025 met en évidence un lien important entre les oiseaux sauvages, la volaille de basse-cour et l’exposition humaine. Le patient était une personne âgée présentant des comorbidités qui élevait en liberté, dans son jardin, un troupeau d’environ 25 canards et 30 poulets, sur une propriété rurale fréquemment visitée par des oiseaux sauvages.

Le patient a développé des symptômes fin octobre 2025 et a ensuite été hospitalisé pour une affection respiratoire grave. Le virus de la grippe A(H5N5), génotype A6, a finalement été identifié par séquençage du génome complet.

Le patient est décédé le 21 novembre 2025. Les enquêteurs ont par la suite détecté le virus H5 chez des canards apparemment en bonne santé présents sur la propriété et ont isolé le virus H5N5 à partir de sédiments prélevés dans un abreuvoir. Six des huit segments génétiques viraux isolés à partir de l’échantillon environnemental présentaient une grande similitude génétique avec le virus isolé chez le patient. Ces résultats ont confirmé une exposition liée à l’environnement du troupeau d’élevage de basse-cour, probablement à la suite d’une introduction par des oiseaux sauvages.

Environ 135 personnes potentiellement exposées ont été identifiées au cours de l’enquête de santé publique, mais aucune autre infection par le virus H5N5 n’a été détectée. Il n’y avait donc aucune preuve de transmission interhumaine.

Les oiseaux marins apparaissent comme des hôtes importants dans la propagation du virus H5N5

Cette nouvelle analyse attire l’attention sur les populations d’oiseaux marins des hautes latitudes en tant que facteurs importants de la dispersion du virus H5N5. Les oiseaux marins peuvent migrer sur de très longues distances et relier des écosystèmes géographiquement éloignés.

Les espèces nichant dans les régions arctiques et subarctiques peuvent également rassembler des populations virales circulant sur différents continents, créant ainsi des conditions propices à la fois à la transmission intercontinentale et au réassortiment.

Les mouvements répétés du virus H5N5 reconstitués dans cette étude suggèrent que ces liens écologiques ont joué un rôle plus important dans l’évolution de ce sous-type qu’on ne le pensait auparavant. Cela pourrait s’avérer particulièrement pertinent pour les futures évaluations du risque de grippe aviaire dans les régions reliées par les voies migratoires nordiques.

L’épidémiologie génomique reconstitue une histoire de transmission jusqu’alors inconnue

L’étude illustre également l’intérêt de l’épidémiologie génomique pour comprendre comment les virus de la grippe se propagent sur de longues périodes et à travers de vastes zones géographiques.

Les détections individuelles ne fournissent que des instantanés de la présence d’un virus à un moment donné. En comparant des centaines de génomes et en reconstituant leurs relations évolutives, les chercheurs peuvent déduire comment les lignées se sont déplacées entre les populations d’hôtes et les continents, même lorsque les infections intermédiaires n’ont jamais été échantillonnées.

Dans le cas du H5N5, cette approche a révélé des traversées répétées de l’Atlantique et a permis de reconstituer la lignée qui a finalement atteint l’État de Washington. Les résultats ne suggèrent pas que le H5N5 représente actuellement la même menace épidémiologique que la lignée H5N1, dominante à l’échelle mondiale. Un seul cas d’infection humaine par le H5N5 a été documenté, et il n’existe aucune preuve d’une transmission soutenue chez l’homme.

Cependant, la combinaison de mouvements intercontinentaux répétés, d’une circulation au sein de multiples populations d’oiseaux sauvages et d’un potentiel zoonotique avéré confère à ce sous-type une importance particulière dans le cadre de la préparation à la grippe aviaire.

L’étude montre que des sous-types de grippe moins courants peuvent suivre des voies écologiques distinctes et acquérir une importance épidémiologique avant de devenir prédominants dans les rapports sur les cas de maladie chez l’homme ou chez les animaux.