Le virus de la fièvre catarrhale ovine a été détecté dans l'eau d'une exploitation agricole et dans les eaux usées d'un abattoir avant que des cas n'aient été officiellement signalés

Une nouvelle prépublication montre que l'ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) peut être détecté dans l'eau de boisson des bovins, la litière de paille et les eaux usées des abattoirs pendant la période de circulation active du BTV. En Catalogne, les échantillonneurs passifs d’eaux usées ont détecté le virus de la fièvre catarrhale ovine plus fréquemment que les prélèvements ponctuels classiques, tandis que des analyses rétrospectives ont permis d’identifier l’ARN viral avant certaines épidémies officiellement déclarées. Ces résultats suggèrent que la RT-qPCR environnementale pourrait être utilisée comme outil de dépistage global pour identifier une circulation à faible niveau avant de procéder à des tests ciblés sur les animaux.

La surveillance de la fièvre catarrhale ovine repose généralement sur des soupçons cliniques, une surveillance entomologique et des tests de laboratoire effectués sur des animaux individuels par RT-qPCR ou sérologie. Ces méthodes restent nécessaires pour la confirmation et l’identification du sérotype, mais elles nécessitent un prélèvement direct sur les animaux et peuvent présenter une sensibilité limitée au niveau du troupeau lorsque seule une petite proportion d’animaux est virémique.

Les chercheurs ont donc cherché à déterminer si des matrices environnementales communes pouvaient fournir un signal moléculaire global de la circulation du virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) lors de l’épidémie de fièvre catarrhale ovine de 2024 en Catalogne. L’étude a analysé 63 échantillons environnementaux prélevés dans deux élevages bovins, un élevage ovin et deux abattoirs.

De l’ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) a été mis en évidence malgré une faible prévalence apparente au sein des troupeaux

Au niveau des exploitations, les chercheurs ont analysé l’eau de boisson, la litière de paille, le fumier et des prélèvements de surface environnementaux après confirmation de l’infection chez les animaux.

L’ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine a été détecté dans 4 des 4 échantillons d’eau de boisson, 2 des 2 prélèvements environnementaux, 6 des 9 échantillons de litière de paille et 3 des 14 échantillons de fumier. L’eau de boisson a donné nettement plus de résultats positifs que le fumier.

Ce phénomène s’est produit alors même que la proportion d’animaux positifs à la RT-qPCR dans les trois exploitations n’était respectivement que de 0,90 %, 0,49 % et 0,16 %. Les résultats indiquent donc que l’ARN viral excrété par un petit nombre d’animaux infectés peut s’accumuler dans les matrices communes au troupeau et devenir détectable sans qu’il soit nécessaire de tester chaque animal individuellement.

L’eau de boisson a produit le signal le plus constant au niveau de l’exploitation

L’eau d’abreuvement s’est révélée positive dans les quatre échantillons analysés. Les auteurs suggèrent que l’ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) pourrait pénétrer dans l’eau des abreuvoirs par le biais de la salive, des sécrétions nasales ou d’autres matières buccales provenant d’animaux infectés. Cette interprétation est étayée par la détection limitée de polyomavirus bovins et ovins utilisés comme indicateurs de contamination fécale et urinaire. Le signal du virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) dans l’eau d’abreuvement semblait donc peu susceptible de résulter simplement d’une contamination par le fumier.

D’un point de vue opérationnel, l’eau des abreuvoirs est également plus facile à prélever de manière répétée que des échantillons sanguins individuels et pourrait potentiellement être intégrée dans des programmes de dépistage au niveau du troupeau.

Les échantillonneurs passifs d’eaux usées ont amélioré la détection du virus de la fièvre catarrhale ovine

Le volet « abattoir » a comparé deux stratégies d’échantillonnage. Au cours d’un échantillonnage intensif mené en octobre 2024, les chercheurs ont analysé 24 échantillons d’eaux usées. Dans l’ensemble, l’ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) a été détecté dans 9 des 24 échantillons d’eaux usées. Cependant, le taux de détection différait considérablement : 66,7 % des échantillonneurs passifs étaient positifs, contre 20 % des échantillons ponctuels. L’échantillonnage passif a donc permis d’obtenir une fréquence de détection nettement plus élevée.

Contrairement à un échantillon ponctuel, qui reflète l’état des eaux usées à un moment donné, un échantillonneur passif reste exposé pendant plusieurs heures, voire plusieurs jours, et accumule du matériel viral en continu. Cela améliore probablement la probabilité de détecter une excrétion intermittente ou de faibles concentrations d’ARN viral.

L’échantillonnage passif a permis de détecter le virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) alors que les échantillons ponctuels restaient négatifs

Le 8 octobre, 12,82 % des animaux abattus provenaient de communes ayant signalé des cas de virus de la fièvre catarrhale ovine. Les trois échantillons ponctuels étaient négatifs. En revanche, les trois échantillonneurs passifs déployés au cours de la période correspondante se sont révélés positifs. Un écart similaire a été observé lors d’une autre journée d’échantillonnage, où seul un des trois échantillons ponctuels s’est révélé positif, tandis que l’échantillonnage passif a de nouveau détecté le virus de la fièvre catarrhale ovine. Ces observations suggèrent que la surveillance des eaux usées basée sur des échantillons ponctuels isolés peut sous-estimer la circulation du virus de la fièvre catarrhale ovine lorsque l’ARN viral pénètre de manière intermittente dans les effluents.

L’ARN détecté dans les eaux usées a précédé certaines notifications officielles de foyers

Des analyses rétrospectives d’échantillons archivés provenant d’abattoirs ont permis de détecter l’ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine avant même que certaines communes fournissant des animaux à ces établissements n’aient signalé de foyers.

Le virus de la fièvre catarrhale ovine a été détecté en septembre dans un abattoir, puis en juillet et août dans un deuxième abattoir. À plusieurs de ces moments, aucun foyer de fièvre catarrhale ovine n’avait encore été officiellement signalé dans les communes d’origine des animaux abattus. Ce résultat est compatible avec une transmission antérieure, cliniquement non détectée, en particulier chez les bovins, chez lesquels l’infection peut rester asymptomatique. Toutefois, l’étude ne permet pas de déterminer l’intervalle exact entre l’infection et la détection dans l’environnement, et elle n’a pas quantifié la durée pendant laquelle l’ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine reste détectable dans les eaux usées.

Ces résultats plaident donc en faveur de l’utilisation des eaux usées comme signal épidémiologique précoce, mais pas comme outil de datation précis de l’introduction du virus.

Identification du virus BTV-8 dans un élevage bovin

Les analyses moléculaires visaient le BTV-4 et le BTV-8, les principaux sérotypes circulant dans la région pendant la période d’étude. L’identification du sérotype n’a abouti que dans une seule exploitation bovine, où la présence du BTV-8 a été confirmée. Les échantillons d’eaux usées et autres échantillons environnementaux positifs n’ont généralement pas pu être sérotypés. Les auteurs attribuent cela principalement à de faibles concentrations d’ARN, à la dégradation du matériel viral et à une éventuelle inhibition de la PCR.

La RT-qPCR environnementale peut indiquer que le virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) circule, mais des échantillons prélevés sur des animaux individuels peuvent encore s’avérer nécessaires pour la détermination du sérotype et la caractérisation complète de l’épidémie.

Le lisier s’est révélé moins utile sur le plan analytique

Le fumier s’est avéré être la matrice d’élevage la moins productive, avec seulement 3 échantillons positifs sur les 14 testés. Ce faible rendement peut s’expliquer par plusieurs facteurs, notamment la distribution hétérogène de l’ARN viral, la dégradation du matériel fécal et la présence d’inhibiteurs de la PCR. Le contraste avec l’eau potable suggère que le choix de la matrice sera déterminant si la surveillance environnementale du virus de la fièvre catarrhale ovine doit être intégrée aux programmes de routine.

Les abattoirs pourraient servir de sentinelles régionales

Les eaux usées des abattoirs ont une valeur de surveillance différente de celle des échantillons environnementaux prélevés au niveau des exploitations. Un abattoir reçoit des animaux provenant de multiples exploitations et communes, ce qui signifie que les eaux usées peuvent contenir du matériel biologique issu d’une population animale géographiquement dispersée. Un résultat positif ne permet donc pas d’identifier directement le troupeau infecté. En revanche, il peut indiquer que des animaux positifs au virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) entrent dans le circuit d’abattage en provenance de la zone de chalandise environnante. Combiné aux registres de mouvements d’animaux, cela pourrait permettre aux autorités de circonscrire l’origine géographique du signal et de hiérarchiser les tests de suivi. Cela est particulièrement pertinent pendant les périodes où le BTV se propage au sein des populations bovines en ne présentant que peu de signes cliniques.

La RT-qPCR environnementale viendrait compléter, et non remplacer, les tests sur les animaux

L’étude ne propose pas l’échantillonnage environnemental comme alternative aux tests diagnostiques sur les animaux. Un échantillon positif d’eau potable ou d’eaux usées ne permet pas d’identifier quel animal est infecté, de déterminer la virémie, d’établir le statut sanitaire ou de fournir toutes les informations requises pour la confirmation officielle d’un foyer.

Son rôle serait de fournir des preuves agrégées de la circulation du virus de la fièvre catarrhale ovine au sein d’un troupeau ou dans la zone de chalandise d’un abattoir. Un tel signal pourrait alors déclencher des prélèvements sanguins plus ciblés, une enquête épidémiologique ou une surveillance entomologique. Cette distinction est particulièrement importante dans les situations de faible prévalence, où le dépistage individuel d’un grand nombre d’animaux peut s’avérer inefficace.

Une validation de principe pour la surveillance groupée du virus de la fièvre catarrhale ovine

Les données catalanes apportent une validation de principe pour la détection de l’ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) en dehors de l’animal hôte. Au niveau des exploitations, l’eau de boisson et la litière de paille ont présenté les taux de détection les plus élevés. Au niveau des abattoirs, l’échantillonnage passif des eaux usées s’est clairement révélé plus performant que l’échantillonnage ponctuel. La détection rétrospective de l’ARN du virus de la fièvre catarrhale ovine avant certaines notifications officielles suggère également que les matrices environnementales peuvent révéler la transmission avant que la surveillance clinique n’identifie les exploitations touchées.