La France a dévoilé un nouveau cadre de gouvernance en matière de santé animale, destiné à faire évoluer le système d’une gestion répétée des situations d’urgence vers une préparation permanente. Les principales annonces concernent la surveillance, l’organisation vétérinaire, les programmes de prévention collectifs et la coordination des décisions en matière de lutte contre les maladies. La réforme précise quels coûts doivent être pris en charge par l’État et lesquels doivent être de plus en plus supportés collectivement par les filières d’élevage.
Les conclusions des Assises du sanitaire animal, présentées le 13 octobre par la ministre de l’Agriculture Annie Genevard, établissent une nouvelle architecture de gestion des risques sanitaires animaux, à l’heure où la France est confrontée à une recrudescence des maladies vectorielles et transfrontalières.
La prévention et la surveillance au cœur du système
Le premier changement majeur est d’ordre organisationnel. La France entend faire du CNOPSAV, le Conseil national de la politique sanitaire animale et végétale, le principal organe stratégique en matière de santé animale, chargé de définir les priorités nationales et de rassembler les pouvoirs publics, les vétérinaires, les organisations d’éleveurs et l’expertise scientifique.
En aval de ce niveau stratégique, un nouveau comité opérationnel de santé animale devrait coordonner la mise en œuvre, tant dans le cadre de la surveillance de routine que lors des urgences sanitaires.
Un comité scientifique dédié sera également créé, offrant un mécanisme plus clair pour intégrer l’expertise épidémiologique et scientifique dans les décisions nationales. Un comité distinct réunira les bailleurs de fonds potentiels des programmes de santé animale.
La réforme distingue ainsi quatre fonctions qui se sont souvent chevauchées lors des crises récentes : la prise de décision stratégique, l’évaluation scientifique, la gestion opérationnelle et le financement.
Les capacités vétérinaires et la traçabilité font partie intégrante de la réforme
Le gouvernement entend également moderniser les outils pratiques utilisés pour maîtriser les foyers épidémiques. La législation agricole d’urgence adoptée en 2026 permet au gouvernement de réviser, par ordonnance, la gouvernance en matière de santé animale, notamment les systèmes d’information sur la traçabilité des animaux, l’organisation de la surveillance et du contrôle, ainsi que les conditions dans lesquelles les vétérinaires habilités effectuent des missions officielles.
Ce volet vétérinaire est important. Les épidémies récentes ont montré à maintes reprises que la détection rapide, le traçage des mouvements, les enquêtes sur le terrain, la vaccination et l’abattage sanitaire dépendent de la disponibilité des vétérinaires et de données fiables et interopérables. La réforme vise l’infrastructure opérationnelle nécessaire pour détecter et endiguer plus rapidement les maladies.
Les programmes sanitaires d’intérêt collectif deviennent un outil central
Une autre innovation majeure réside dans la mise en place de « programmes sanitaires d’intérêt collectif » (PSIC). Ces programmes permettront à chaque secteur d’élevage d’organiser des stratégies de prévention, de surveillance ou de lutte contre les maladies considérées comme prioritaires pour ce secteur.
L’objectif est de s’éloigner d’un modèle dans lequel les mesures sont largement improvisées une fois la crise déclenchée. Au contraire, les secteurs seraient en mesure de définir des programmes à l’avance, comprenant des protocoles de surveillance, des stratégies de vaccination ou d’autres mesures préventives, dans le respect de la gouvernance sanitaire nationale. Ce mécanisme est particulièrement pertinent pour les maladies dont l’épidémiologie diffère considérablement d’un secteur à l’autre — grippe aviaire, maladies à transmission vectorielle chez les ruminants, peste porcine africaine ou préparation à la fièvre aphteuse.
Une répartition plus claire des responsabilités financières
En matière de financement, le gouvernement propose une distinction plus claire entre la prévention, la surveillance et la lutte contre les foyers épidémiques. D’une manière générale, les secteurs de l’élevage assumeraient une plus grande responsabilité dans le financement des mesures préventives, y compris l’achat de vaccins lorsque la vaccination devient une composante à part entière de la prévention de routine.
L’État conserverait la responsabilité des fonctions souveraines de lutte contre les maladies et continuerait à financer ou à cofinancer la surveillance lorsqu’elle relève des responsabilités en matière de santé publique ou de santé animale.
Les éleveurs dont les exploitations sont officiellement déclarées infectées continueraient également à bénéficier d’une indemnisation publique pour les animaux abattus sur ordre administratif.
Un soutien temporaire de l’État pourrait rester possible lors de la mise en place de mesures préventives entièrement nouvelles, comme cela s’est produit lorsque la France a instauré la vaccination obligatoire des canards contre la grippe aviaire hautement pathogène. Toutefois, dès lors qu’une mesure s’inscrit dans le cadre de la gestion normale des risques de production, le gouvernement souhaite qu’une part plus importante du coût soit prise en charge par les secteurs de l’élevage.
Le FMSE pourrait intervenir avant la crise
Le rôle du FMSE, le fonds français de mutualisation des risques sanitaires et environnementaux en agriculture, serait également élargi. Jusqu’à présent, ces mécanismes se sont principalement concentrés sur l’indemnisation des pertes. La réforme permettrait aux fonds collectifs de contribuer plus directement à la prévention et à la surveillance, à condition que cela n’entraîne pas de dépenses publiques supplémentaires.
Ce changement vise à encourager les investissements avant l’apparition des maladies plutôt que de concentrer les ressources financières uniquement sur l’indemnisation après les épidémies.
Pourquoi la France modifie-t-elle le système aujourd’hui ?
La réforme est en préparation depuis le lancement des Assises du sanitaire animal, le 30 janvier 2025. L’objectif initial était de réévaluer un modèle français de santé animale largement hérité des États généraux du sanitaire tenus environ 15 ans plus tôt et de l’adapter à un contexte épidémiologique très différent.
La France a été confrontée à des épisodes répétés de grippe aviaire hautement pathogène, à l’arrivée des sérotypes 3 et 8 de la fièvre catarrhale ovine, à la maladie hémorragique épizootique et, par la suite, à la dermatose nodulaire contagieuse. Parallèlement, la peste porcine africaine et la fièvre aphteuse se sont rapprochées des frontières françaises.
Lors du lancement des Assises, le ministère a explicitement cité le changement climatique, les pénuries ou les difficultés de déploiement des vaccins, l’émergence de maladies à transmission vectorielle et l’intensification des échanges internationaux comme raisons justifiant la réforme du système existant.
La grippe aviaire hautement pathogène a mis en évidence à la fois le coût de la gestion de crise et l’intérêt potentiel de la prévention. Au cours de l’épidémie de 2021-2022, environ 22 millions d’oiseaux ont été abattus, pour un coût dépassant le milliard d’euros. Après la mise en place de la vaccination nationale des canards en 2023, l’impact de la saison suivante a considérablement diminué.
De la réponse aux crises à la préparation permanente
Le changement le plus important annoncé le 13 octobre est la décision d’organiser la santé animale autour d’une surveillance continue, d’une anticipation scientifique, d’une coordination vétérinaire renforcée, de programmes de prévention collectifs et d’une gouvernance opérationnelle plus claire.
Le défi pratique réside désormais dans la mise en œuvre. Le cadre du PSIC, la nouvelle structure du CNOPSAV, les modifications apportées au système de traçabilité et la répartition des responsabilités entre l’État, les vétérinaires et les secteurs d’élevage doivent encore être transposés en réglementations et en procédures opérationnelles.
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