Les chiens et les chats sont porteurs de lignées de Klebsiella pneumoniae multirésistantes circulant à l'échelle mondiale et également présentes chez l'humain.

Une analyse génomique mondiale de Klebsiella pneumoniae chez les chiens et les chats a révélé un chevauchement important avec les lignées bactériennes circulant chez l'humain, notamment plusieurs clones à haut risque de résistance aux antimicrobiens. L'étude, basée sur plus de 700 génomes d'animaux de compagnie provenant de 25 pays, ne démontre pas de transmission entre animaux domestiques et humains, mais elle renforce l'argument en faveur de l'inclusion des animaux de compagnie dans la surveillance de la résistance aux antimicrobiens selon l'approche « Une seule santé ».

Publiée dans la revue Transboundary and Emerging Diseases, l'étude a analysé 712 génomes de Klebsiella pneumoniae obtenus à partir de chiens et de chats domestiques et les a comparés à 38 106 génomes associés à l'humain. Selon les auteurs, il s'agit de la première analyse mondiale à grande échelle conçue spécifiquement pour caractériser la structure de la population de K. pneumoniae chez les animaux de compagnie et la comparer aux souches circulant chez l'humain.

Klebsiella pneumoniae peut coloniser les animaux et les humains sans provoquer de maladie, mais certaines souches sont responsables d'infections urinaires, de pneumonies, d'infections du sang et d'autres affections graves. La fréquence croissante des souches résistantes aux céphalosporines de troisième génération et aux carbapénèmes a fait de cette bactérie une cible majeure de la surveillance de la résistance aux antimicrobiens.

La plupart des isolats provenant d'animaux de compagnie appartenaient à des lignées également présentes chez l'humain.

L'ensemble de données sur les animaux de compagnie contenait 263 types de séquences différents, soulignant une diversité génétique considérable. Cependant, plusieurs lignées à haut risque reconnues internationalement ont été identifiées à plusieurs reprises, notamment ST307, ST11, ST15 et ST147. La comparaison des génomes animaux avec l'ensemble de données humaines, beaucoup plus vaste, a révélé un chevauchement frappant.

71,1 % des types de séquences identifiés chez les chiens et les chats avaient également été détectés chez l'humain. Plus important encore, 87,2 % de tous les isolats provenant d'animaux de compagnie appartenaient à des types de séquences déjà présents dans la population humaine. Concrètement, 621 des 712 isolats animaux appartenaient à des lignées bactériennes également présentes chez l'humain.

Cela ne signifie pas que les animaux de compagnie ont contracté les bactéries auprès des humains, ni l'inverse. Le chevauchement des types de séquences démontre que les mêmes populations bactériennes circulent chez les deux hôtes, mais ne permet pas d'établir le sens ni même l'existence d'une transmission directe.

Cette distinction est importante. L'étude met en évidence un paysage microbien commun plutôt qu'une voie de transmission directe de l'animal de compagnie à son propriétaire.

Gènes ESBL dans plus de quatre isolats sur dix

Les résultats concernant la résistance aux antimicrobiens étaient significatifs. Parmi 706 isolats provenant de 25 pays pour lesquels des informations géographiques suffisantes étaient disponibles, 303 isolats (42,9 %) portaient des gènes de bêta-lactamases à spectre étendu. Ces gènes peuvent conférer une résistance à d'importants antibiotiques bêta-lactamines, notamment les céphalosporines de troisième génération.

98 autres isolats, soit 13,9 %, portaient des gènes de carbapénémases. Les carbapénémases sont particulièrement préoccupantes car elles peuvent compromettre l'efficacité des carbapénèmes, des antibiotiques souvent réservés aux infections difficiles à traiter causées par des bactéries Gram négatif multirésistantes.

Ces résultats intègrent les chiens et les chats dans l'épidémiologie plus large de la résistance cliniquement significative, plutôt que de considérer les populations de Klebsiella chez les animaux de compagnie comme distinctes de celles rencontrées en médecine humaine.

La multirésistance est particulièrement fréquente chez les chats.

Une différence marquée est apparue entre les chiens et les chats. 80 % des isolats provenant de chats étaient classés comme multirésistants, contre 56,3 % des isolats provenant de chiens. Les chercheurs attribuent en partie cette différence à une plus grande représentation de clones épidémiques à haut risque parmi les isolats félins, en particulier le ST147.

Ce résultat ne doit pas être interprété comme la preuve que les chats constituent intrinsèquement une menace plus importante de résistance aux antimicrobiens que les chiens. Les données ont été constituées à partir de séquences génomiques publiques et non d'une enquête aléatoire standardisée auprès de la population animale de compagnie. De plus, les modalités d'échantillonnage varient considérablement selon les pays, les hôpitaux vétérinaires et les programmes de recherche.

Les auteurs soulignent eux-mêmes l'hétérogénéité de l'échantillonnage génomique et l'incomplétude des métadonnées cliniques comme des limitations importantes.

La souche ST147 apporte la preuve la plus convaincante de circulation inter-hôtes.

Parmi les lignées étudiées, la ST147 a suscité un intérêt particulier. La ST147 est une lignée de Klebsiella pneumoniae multirésistante, présente dans le monde entier et déjà identifiée dans le contexte des soins de santé humains. Une analyse génomique détaillée a permis d'identifier un groupe de souches ST147 étroitement apparentées, contenant des isolats provenant de chats, de chiens et d'humains. Certaines ne différaient que par un très petit nombre de variations génomiques, ce qui suggère une origine commune récente et la circulation de la même lignée bactérienne entre les populations hôtes.

Les chercheurs ont également mis en évidence un profil plasmidique récurrent au sein de cette population ST147. Les plasmides sont des éléments génétiques mobiles capables de transporter des gènes de résistance aux antimicrobiens entre bactéries. Les génomes ST147 étroitement apparentés, associés aux chats, aux chiens et aux humains, partageaient des réplicons plasmidiques récurrents IncFIB(K), IncFII(K) et IncX3, ainsi que des déterminants de multirésistance similaires.

Cependant, ces résultats n'établissent pas de transfert direct entre un animal et un humain. Ces résultats montrent que des populations bactériennes résistantes étroitement apparentées, ainsi que les éléments de résistance associés, sont présents chez les deux groupes d'hôtes.

Les bactéries résistantes ne se limitent pas aux animaux malades.

L'une des découvertes les plus importantes du point de vue de la surveillance est que K. pneumoniae multirésistante n'était pas restreinte aux échantillons prélevés sur des animaux présentant des infections cliniques. Des souches résistantes ont également été trouvées dans des échantillons associés à la colonisation. Ceci est important car des animaux apparemment sains porteurs de bactéries résistantes peuvent faire partie d'un réservoir plus vaste qui reste invisible si la surveillance se concentre uniquement sur les infections cliniques vétérinaires.

La colonisation n'implique pas nécessairement la maladie, ni la transmission de la bactérie à son propriétaire. Mais d'un point de vue épidémiologique, elle permet aux lignées résistantes de persister dans les populations et les environnements sans produire de signal clinique évident.

Les animaux de compagnie restent un angle mort de la surveillance de la résistance aux antimicrobiens.

Les chiens et les chats occupent une place particulière dans l'épidémiologie « Une seule santé ». Contrairement au bétail, ils partagent les foyers, les surfaces et le contact physique quotidien avec les humains. Pourtant, la surveillance de la résistance aux antimicrobiens chez les animaux de compagnie reste considérablement moins développée que celle menée dans les hôpitaux, chez les animaux destinés à la production ou au sein de la chaîne alimentaire.

L'ampleur de cette interface est considérable. L'étude indique que l'Europe compte environ 90 millions de chiens et 108 millions de chats, tandis que les États-Unis en comptent environ 87,3 millions de chiens et 76,3 millions de chats domestiques.

Plusieurs pays commencent à combler cette lacune en matière de surveillance. Au Royaume-Uni, par exemple, la Direction des médicaments vétérinaires soutient un projet pilote national de collecte d'échantillons fécaux de chiens et de chats en bonne santé, vivant à domicile, en cabinet vétérinaire et dans des refuges, afin d'établir des niveaux de référence de résistance aux antimicrobiens. La Chine gère également le Réseau chinois de surveillance de la résistance aux antimicrobiens chez les animaux de compagnie (CARPet) depuis 2021.

Cette nouvelle étude génomique suggère que de telles initiatives ne doivent pas être considérées comme périphériques à la surveillance de la résistance aux antimicrobiens chez l'humain.

Un signal d'alerte dans le cadre de l'approche « Une seule santé », et non la preuve que les animaux domestiques infectent leurs propriétaires.

Cette distinction est essentielle à l'interprétation des résultats. La présence des mêmes types de séquences chez l'humain et l'animal de compagnie n'établit pas de transmission zoonotique directe. Même des génomes ST147 quasi identiques pourraient refléter une acquisition à partir d'une source environnementale ou de soins de santé commune, une transmission par l'intermédiaire d'un autre hôte ou une circulation à travers de multiples réservoirs interconnectés. L'étude s'appuyait sur des séquences génomiques déjà déposées et n'avait pas pour objectif de reconstituer les événements de transmission individuels. Son importance réside ailleurs : les animaux de compagnie sont porteurs de certains clones de Klebsiella pneumoniae à haut risque circulant à l'échelle internationale, ainsi que de déterminants de résistance importants en médecine humaine. Cela les rend pertinents pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens, même lorsqu'ils sont en bonne santé.

Les résultats ne doivent pas être interprétés comme la preuve que les animaux de compagnie rendent leurs propriétaires malades. Ils montrent plutôt que des populations bactériennes résistantes très proches sont présentes chez les animaux et les humains. Pour la surveillance vétérinaire et de santé publique, la conclusion est claire : surveiller la résistance aux antimicrobiens uniquement chez l'humain, le bétail et les animaux de production ne permet pas de dresser un tableau épidémiologique complet.

L'étude apporte des preuves génomiques que les chiens et les chats font partie intégrante du même paysage de résistance aux antimicrobiens « Une seule santé » que les humains, en particulier lorsque la surveillance vise à identifier les clones émergents à haut risque avant qu'ils ne se généralisent.