Le virus Nipah dans les eaux usées : un outil prometteur pour une alerte précoce ?

La surveillance du virus Nipah (NiV) reste largement clinique et réactive, ce qui signifie que les épidémies ne sont souvent détectées qu’une fois que des patients gravement malades sont admis à l’hôpital. Une nouvelle étude se demande si une surveillance basée sur les eaux usées pourrait permettre une alerte plus précoce.

Le NiV est un virus zoonotique aux conséquences graves, avec des taux de létalité rapportés compris entre 40 et 75 % et une transmission interhumaine avérée, y compris dans les établissements de santé. Les chauves-souris frugivores du genre Pteropus constituent son réservoir naturel. Les porcs peuvent servir d’hôtes amplificateurs, tandis que les chevaux, les chiens, les chats, les chèvres et les bovins semblent être des hôtes accidentels ou de transmission croisée.

La surveillance actuelle détecte les épidémies trop tard

Dans les pays endémiques, la surveillance repose principalement sur les patients présentant une encéphalite ou une maladie respiratoire grave. À ce stade, la transmission à des proches, au personnel soignant et à d’autres contacts peut déjà avoir eu lieu. Le problème est particulièrement flagrant dans les établissements de santé. L’étude souligne qu’au Bangladesh, 82 des 248 cas humains recensés dans une série importante résultaient d’une transmission interhumaine. En juin 2026, les auteurs faisaient état d’au moins 764 cas cliniques confirmés dans le monde et de 442 décès. De nouveaux cas continuaient d’apparaître en 2026 en Inde et au Bangladesh.

Pourquoi la surveillance des eaux usées est biologiquement plausible

L’ARN du NiV a été détecté dans l’urine et les sécrétions respiratoires humaines, ce qui constitue une voie plausible de contamination des eaux usées hospitalières. En revanche, l’excrétion fécale chez l’homme n’a pas été confirmée, ce qui affaiblit l’argument en faveur d’une surveillance des eaux usées à l’échelle de la communauté. C’est pourquoi les auteurs considèrent que les eaux usées hospitalières, riches en urine, constituent une première cible plus réaliste que les eaux usées municipales. Les eaux usées d’origine animale peuvent également être pertinentes, car les porcs infectés excrètent le virus par l’urine, les sécrétions respiratoires et les selles.

D'importantes lacunes techniques subsistent

Le principal problème réside dans le fait que le NiV n’a jamais fait l’objet d’études systématiques dans les eaux usées. Les chercheurs ignorent encore combien de temps l’ARN viral persiste, s’il se lie préférentiellement aux solides ou s’il reste en phase liquide, ni dans quelle mesure il peut être récupéré efficacement à partir des eaux usées. La détection moléculaire constitue une autre limite. La RT-qPCR est la méthode de référence, mais la revue souligne qu’il existe relativement peu de tests indépendants et open source pour le NiV qui soient disponibles et validés pour les échantillons environnementaux.

Les exigences de niveau de sécurité biologique 4 (BSL-4) compliquent la mise en œuvre

Le NiV est un agent pathogène de niveau BSL-4, ce qui crée des contraintes pratiques majeures pour la manipulation des eaux usées non traitées susceptibles de contenir des virus infectieux.

Les auteurs suggèrent qu’une inactivation chimique ou thermique validée pourrait permettre l’extraction de l’ARN en aval et la réalisation de tests par PCR dans des conditions de confinement moins strictes, mais la manipulation initiale des échantillons nécessiterait tout de même des procédures de biosécurité rigoureuses et limiterait probablement les tests à des laboratoires de référence spécialisés.

La revue propose donc de mener des études pilotes plutôt qu’un déploiement immédiat : caractériser d’abord l’excrétion, tester la récupération de l’ARN du NiV dans des eaux usées représentatives, valider des tests RT-qPCR ou de PCR numérique open source, et concentrer la surveillance initiale sur les hôpitaux traitant des cas suspects et sur certains milieux animaux à haut risque.

Ainsi, la surveillance des eaux usées pour le virus Nipah est biologiquement plausible, mais n’a pas encore fait ses preuves sur le plan technique ou opérationnel. Pour l’instant, elle doit être considérée comme un complément potentiel à la surveillance clinique, animale et environnementale dans le cadre de l’approche « One Health », plutôt que comme un système d’alerte précoce prêt à l’emploi.