Le virus H5N1 en Afrique : deux décennies de données révèlent des foyers persistants chez les volailles et un risque zoonotique inégal

Une analyse à l'échelle du continent sur la grippe aviaire en Afrique montre que le virus H5N1 domine les foyers épidémiques signalés chez les animaux depuis 2004 et reste concentré dans un nombre limité de zones à haut risque pour la volaille, notamment en Égypte. L’étude met également en évidence des faiblesses marquées dans la rapidité de la surveillance et d’importantes différences géographiques en matière de risque de transmission à l’homme, ce qui renforce la nécessité d’une surveillance « One Health » plus ciblée plutôt que de mesures uniformes à l’échelle du continent.

L'étude a analysé 8 037 foyers chez les animaux et 369 cas humains confirmés en laboratoire, enregistrés entre 2004 et 2025, à partir de données issues de l'EMPRES-i+ de la FAO, de l'OMS et de l'OIE. Les auteurs ont combiné la modélisation spatiale, les délais de notification et les estimations de la transmissibilité à l’homme pour identifier les zones où la circulation du virus chez les animaux et le risque zoonotique se recoupent.

Le virus H5N1 représentait près de 88 % des foyers chez les animaux

Le virus H5N1 hautement pathogène représentait 87,8 % des foyers animaux signalés. La plupart des détections concernaient des volailles domestiques, qui représentaient 95,5 % des cas recensés, tandis que les oiseaux sauvages en représentaient 4,2 %. Les poulets ont été l’hôte le plus fréquemment signalé, avec 2 790 cas, suivis des canards avec 1 286 cas.

La concentration géographique était frappante. L’Afrique du Nord représentait 69,5 % de l’ensemble des foyers, et l’Égypte à elle seule comptait 5 308 cas, soit 66 % du total continental. Le Nigeria suivait avec 999 cas et l’Afrique du Sud avec 951.

Le modèle a estimé que le virus H5N1 était associé à un risque d’infection animale nettement plus élevé que les autres sous-types de grippe inclus dans l’analyse, avec un rapport des taux d’incidence de 8,37.

Les cas humains étaient massivement concentrés en Égypte

Cette même répartition géographique était encore plus marquée chez l’homme. Parmi les 369 infections humaines confirmées en laboratoire, 364 étaient attribuées au virus H5N1. L’Égypte comptait 365 cas, soit 98,9 % du total continental. L’étude a recensé 119 décès, là encore concentrés de manière écrasante en Égypte.

La plupart des infections humaines étaient associées à une exposition directe à de la volaille infectée. Des grappes familiales ont été signalées, mais les auteurs n’ont trouvé aucune preuve indiquant qu’elles reflétaient une transmission interhumaine soutenue ; une exposition commune à des environnements avicoles contaminés restait l’explication la plus probable.

Le modèle a permis d’identifier des zones où un risque élevé pour la volaille et un risque d’infection humaine se chevauchaient, créant ce que les auteurs décrivent comme des « points chauds » à la fois pour les animaux et pour les humains. Le virus H5N1 était associé à une incidence d’infections humaines signalées environ 67 fois plus élevée que celle des autres sous-types de grippe aviaire présents dans l’ensemble de données.

Les retards de surveillance restent importants

L’étude a également examiné la rapidité avec laquelle les foyers passaient de la détection à la notification officielle. Environ 71 % des foyers chez les animaux ont été signalés dans les cinq jours, mais 12 % ont connu des retards d’au moins 15 jours. Ces retards variaient considérablement d’une région à l’autre.

Pour une maladie aviaire à propagation rapide, de tels retards peuvent revêtir une importance épidémiologique. Une notification tardive permet aux oiseaux, produits et équipements infectés d’être déplacés avant la mise en œuvre des mesures de lutte, en particulier dans les systèmes avicoles informels caractérisés par de fréquents mouvements vers les marchés et d’une exploitation à l’autre.

L’Afrique ne constitue pas une unité épidémiologique unique

L’une des conclusions les plus importantes concerne le degré d’hétérogénéité à l’échelle du continent. La prédominance apparente de l’Égypte reflète en partie une circulation réellement intense du virus H5N1, mais aussi une surveillance bien plus rigoureuse que dans de nombreux autres pays. Les auteurs reconnaissent que ce déséquilibre dans les déclarations peut masquer la transmission dans les régions sous-échantillonnées, en particulier en dehors de l’Afrique du Nord.

Ils notent également que la charge humaine historique en Égypte a été fortement influencée par la lignée 2.2.1 du virus H5N1 avant 2016, tandis que la pandémie plus récente du clade 2.3.4.4b présente un profil épidémiologique différent. L’étude combine donc plusieurs phases distinctes de l’évolution du virus H5N1 sur deux décennies.

En pratique, cela implique que les priorités en matière de surveillance et de lutte doivent être ciblées géographiquement. Les zones à forte densité avicole, caractérisées par des foyers animaux récurrents, des contacts fréquents entre l’homme et les oiseaux et une notification plus lente, nécessitent une biosécurité renforcée et une réponse diagnostique plus rapide que les régions où la circulation du virus est peu documentée.

En matière de santé animale, l’étude montre que le problème du H5N1 en Afrique reste avant tout un fardeau sanitaire touchant la volaille, avec une surveillance très inégale, tandis que les infections zoonotiques restent concentrées dans un petit nombre de foyers historiques.