Une analyse nationale de la grippe aviaire A(H5N1) hautement pathogène chez la faune sauvage canadienne a permis de recenser 2 657 cas détectés entre janvier 2022 et mars 2026, les oiseaux sauvages représentant plus de 93 % de ces cas. Les oiseaux aquatiques et les rapaces constituaient les principaux groupes d’hôtes, tandis que les infections chez les mammifères représentaient une part moindre mais importante sur le plan épidémiologique. L’étude montre également que les virus réassortis d’origine eurasienne et nord-américaine sont devenus dominants et que l’automne et le printemps restent les principales périodes de détection chez la faune sauvage.
Publiée dans la revue Comparative Immunology, Microbiology and Infectious Diseases, cette étude a analysé les données de surveillance nationales provenant des 13 provinces et territoires canadiens, en combinant les tendances temporelles, les espèces hôtes, les lignées virales et les regroupements spatiaux. L’ensemble de données couvrait 112 espèces d’animaux sauvages et 2 657 cas de H5N1 confirmés en laboratoire, enregistrés entre le 7 janvier 2022 et le 25 mars 2026.
Les oiseaux représentaient 93 % des cas détectés
Sur les 2 657 cas détectés, 2 478 concernaient des oiseaux, soit 93,3 %, tandis que 179 concernaient des mammifères, soit 6,7 %. Près des trois quarts de l’ensemble des cas recensés (1 980 cas détectés, soit 74,5 %) concernaient des animaux retrouvés morts ou euthanasiés. Les oiseaux aquatiques et les rapaces étaient particulièrement nombreux. Rien que lors de la grande vague de 2022, les oiseaux aquatiques représentaient 36,3 % des signalements et les rapaces 26,7 %, totalisant ensemble près des deux tiers des cas concernant la faune sauvage. Les corvidés représentaient 11,4 %, les oiseaux marins 9,3 % et les goélands et sternes 8,9 %.
L’importance des rapaces reflète probablement à la fois une infection directe et une exposition par le biais de la prédation ou de la consommation de charognes d’oiseaux infectés.
2022 reste la plus grande vague touchant la faune sauvage
La première vague majeure au Canada a également été la plus importante de la période étudiée. On a recensé 1 199 cas chez la faune sauvage en 2022, ce qui représente 45,1 % de l’ensemble des données. Ces chiffres sont ensuite tombés à 423 en 2023 et à 363 en 2024, avant de remonter à 605 en 2025. Le total plus faible de 2026 s’explique par une surveillance qui n’a porté que jusqu’à fin mars.
L’épisode de 2022 a eu des conséquences majeures en matière de conservation. Des évaluations antérieures citées par les auteurs estimaient à plus de 40 000 le nombre de décès d’oiseaux sauvages attribuables au virus H5N1 dans l’est du Canada au printemps et à l’été 2022, les oiseaux marins et les canards marins étant particulièrement touchés.
L’automne et le printemps constituent les principales périodes à risque
Sur l’ensemble des données de la période 2022-2026, l’automne a donné lieu à 906 détections et le printemps à 880, ce qui représente respectivement 34,1 % et 33,1 % de l’ensemble des détections. L’hiver a représenté 581 cas détectés et l’été seulement 290. Ces pics correspondent étroitement aux principales périodes de migration des oiseaux, mais les auteurs mettent en garde contre le fait de limiter la surveillance à la seule migration. Près d’un tiers des cas détectés se sont produits en dehors des périodes de migration printanière et automnale définies.
Cette tendance plaide en faveur d’une surveillance tout au long de l’année, avec une intensification des efforts pendant les périodes de mouvements migratoires importants.
L’Ontario, l’Alberta et la Colombie-Britannique constituaient les principaux foyers d’activité
La répartition géographique était très inégale. L’Ontario a enregistré 618 détections d’animaux sauvages, suivi de l’Alberta avec 429 et de la Colombie-Britannique avec 391. Ces trois provinces ont été classées parmi les zones à très forte densité de détections. Le Québec a enregistré 298 observations, la Saskatchewan 249 et la Nouvelle-Écosse 195, ce qui les place dans la catégorie des zones à forte densité d’observations.
Au cours de la vague de 2022 en particulier, le Québec a enregistré la plus grande part, suivi de la Colombie-Britannique, de l’Ontario, de la Saskatchewan et de l’Alberta. À elles seules, ces cinq provinces représentaient 70,9 % des détections cette année-là.
L’étude a également mis en évidence des regroupements locaux dans certaines parties de la région des Prairies, bien qu’aucun signe de regroupement spatial uniforme n’ait été observé à l’échelle de l’ensemble du Canada.
Les virus réassortis sont devenus dominants
L’une des conclusions virologiques les plus marquantes concerne le réassortiment. Sur l’ensemble de la période étudiée, 80,8 % des cas détectés concernaient des lignées H5N1 réassorties d’origine eurasienne et nord-américaine. Ces virus combinent du matériel génétique issu de la lignée eurasienne H5N1 introduite en Amérique du Nord avec des segments dérivés de virus de la grippe aviaire nord-américains. Au cours de la vague épidémique de 2022, les virus réassortis représentaient déjà 76,5 % des cas détectés chez la faune sauvage, contre 22,4 % pour les virus entièrement eurasiens.
La modélisation a montré que la lignée virale, l’année et la saison figuraient parmi les principaux facteurs associés au nombre de cas détectés, et que les lignées réassortantes étaient fortement associées à un nombre plus élevé de cas détectés.
Les mammifères restent une cible de surveillance plus restreinte mais importante
Les mammifères ne représentaient que 6,7 % des cas détectés, mais les auteurs considèrent ces infections comme importantes car elles témoignent d’une transmission continue au-delà des hôtes aviaires.
L’expansion du clade 2.3.4.4b du virus H5N1 a déjà démontré sa capacité à infecter un éventail croissant de mammifères sauvages. Pour les programmes de surveillance, les cas chez les mammifères fournissent donc des informations non seulement sur la charge de morbidité, mais aussi sur les occasions répétées d’adaptation virale à des hôtes non aviaires.
Vers une surveillance plus ciblée de la faune sauvage
Les auteurs s’appuient sur les données canadiennes pour proposer une stratégie de surveillance davantage axée sur les risques. Plutôt que de répartir les efforts d’échantillonnage de manière uniforme, la surveillance pourrait donner la priorité à l’Ontario, à l’Alberta et à la Colombie-Britannique, aux périodes liées aux migrations, aux oiseaux aquatiques et aux rapaces, aux lignées réassortantes et aux mammifères sauvages. Une évaluation rétrospective de ce cadre a suggéré qu’un tel ciblage permettrait de recenser une grande partie des détections historiques tout en concentrant les efforts sur les hôtes, les lieux et les saisons les plus riches en informations.
L’étude présente donc la surveillance du virus H5N1 au Canada comme un système « One Health » en constante évolution, plutôt que comme un simple décompte d’oiseaux infectés. Le signal dominant depuis 2022 est l’interaction entre les oiseaux aquatiques migrateurs, les oiseaux de proie, les foyers géographiquement concentrés et les virus réassortants de plus en plus répandus, les transmissions aux mammifères ajoutant une dimension supplémentaire au tableau de surveillance.
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