Le séquençage génétique révèle des virus jusqu'alors inconnus chez les tortues marines vulnérables

Une étude virologique à grande échelle a permis d'identifier 19 virus chez des tortues marines des côtes atlantique et pacifique des États-Unis, dont sept virus jamais décrits auparavant chez aucune espèce. Ces travaux établissent de nouvelles données de référence pour la surveillance des maladies chez les populations de tortues marines menacées et en voie de disparition, où les infections virales restent mal caractérisées.

Des chercheurs de la Faculté de médecine vétérinaire de l'Université de Géorgie ont analysé des échantillons fécaux prélevés sur des tortues marines réhabilitées et en liberté, grâce à un réseau de spécialistes de la faune marine. Le séquençage génétique leur a permis d'identifier une diversité virale bien plus importante que celle précédemment reconnue chez ces animaux.

Sept virus totalement nouveaux

L'étude a détecté 19 virus au total, dont sept nouveaux. L'un d'eux semble appartenir à une famille virale jusqu'alors inconnue. Certains de ces virus étaient génétiquement apparentés à des pathogènes déjà connus chez les invertébrés aquatiques et les poissons, ce qui suggère que le virome des tortues marines pourrait inclure des virus associés à la fois aux tortues elles-mêmes et à leur environnement marin.

Les chercheurs soulignent que la détection de ces virus ne signifie pas nécessairement qu'ils causent des maladies. Nombre d'entre eux pourraient être des composants inoffensifs de la flore virale normale.

L'importance de ces travaux réside dans l'établissement d'un catalogue de référence. Si une maladie inexpliquée ou un cas de mortalité survient à l'avenir, les chercheurs pourront comparer les virus nouvellement détectés avec ceux déjà connus pour circuler chez des tortues apparemment saines ou cliniquement stables.

Une lacune majeure dans la surveillance des maladies des tortues marines

Jusqu'à présent, moins d'une douzaine de virus avaient été clairement associés à des maladies chez les tortues marines. Les programmes de recherche et de conservation se sont donc concentrés bien davantage sur des menaces bien connues telles que la pollution, les prises accessoires de la pêche, le braconnage, la perte d'habitat et l'aménagement du littoral.

Or, les maladies infectieuses pourraient devenir particulièrement importantes au sein des populations déjà fragilisées. Cinq des sept espèces de tortues marines dans le monde sont menacées ou en voie de disparition, ce qui signifie que même des épidémies relativement localisées pourraient avoir des conséquences sur leur conservation.

L'un des auteurs avait précédemment contribué à l'identification d'un virus fortement associé à une maladie neurologique mortelle chez les tortues aquatiques. Cette découverte a soulevé la question plus générale de savoir quels autres virus, encore non décrits, pourraient circuler chez les tortues.

Des cibles de surveillance inconnues

L’étude illustre l’intérêt du séquençage métagénomique pour la santé de la faune sauvage. Plutôt que de se limiter à la recherche de pathogènes déjà suspectés, le séquençage peut révéler la présence de matériel viral sans cible prédéfinie. Cela le rend particulièrement utile chez les espèces dont le paysage des maladies infectieuses est mal connu.

Le catalogage de la diversité virale transforme des agents totalement inconnus en organismes qui peuvent ensuite être surveillés et étudiés. La plupart ne se révéleront peut-être jamais pathogènes, mais les quelques-uns associés à des maladies peuvent alors être identifiés beaucoup plus rapidement. Pour les populations vulnérables de tortues marines, cette base de référence pourrait être cruciale. Les enquêtes épidémiologiques lors d’une épidémie ne devraient plus partir de zéro.

Un nouvel outil pour la conservation de la faune marine

L’étude souligne également le chevauchement croissant entre la conservation de la faune sauvage, la pathologie vétérinaire et la surveillance génomique. Les tortues marines sont exposées à des environnements marins en rapide évolution, à la pollution, aux changements écologiques liés au climat et aux interactions avec de nombreuses autres espèces aquatiques. Comprendre les communautés virales des tortues marines apporte un éclairage supplémentaire sur l'évaluation de leur santé.

Les chercheurs ont collaboré avec le Georgia Sea Turtle Center, des spécialistes de la NOAA, le Turtle Hospital de Floride, le Mystic Aquarium, le New England Aquarium et Upwell en Californie, ce qui a permis d'effectuer des prélèvements sur les côtes atlantique et pacifique.

Ces résultats n'indiquent pas l'émergence d'une nouvelle épidémie virale chez les tortues marines. Ils fournissent en revanche un élément qui faisait largement défaut : une cartographie de référence de la diversité virale, permettant de comparer les futures épidémies.