En moins de deux mois, le virus Shamonda-Europe s’est largement diffusé en Europe occidentale. Initialement identifié chez des bovins présentant principalement fièvre, diarrhée et chute de production laitière, cet orthobunyavirus est désormais détecté dans plusieurs espèces et dans un nombre croissant de pays européens. Les dernières données modifient surtout la perception de son impact sanitaire : infections fœtales, avortements et malformations congénitales replacent désormais les conséquences des infections pendant la gestation au centre de la surveillance.
À la date du 26 septembre 2026, la circulation du virus est documentée en France, Allemagne, Suisse, Belgique, Pays-Bas, Luxembourg, Autriche, Liechtenstein, Italie et Espagne. Le 24 septembre, sa détection à Jersey a également confirmé sa présence dans les îles Britanniques.
La progression géographique s’accompagne d’une évolution des connaissances sur le virus. Deux variants génétiquement distincts, SHAV-EU1 et SHAV-EU2, sont actuellement reconnus en Europe. Les analyses du Friedrich-Loeffler-Institut allemand indiquent qu’ils correspondent vraisemblablement à deux événements distincts d’introduction et de diffusion. SHAV-EU1 est surtout observé en France, en Suisse, dans le sud de l’Allemagne et en Autriche, tandis que SHAV-EU2 a notamment été identifié dans le nord de l’Allemagne, aux Pays-Bas et en Belgique.
France : 47 départements et premières malformations ovines
La France reste l’un des pays où la diffusion de Shamonda est la mieux documentée. Selon le point de situation publié à partir du Bulletin de veille sanitaire internationale du 22 septembre, le virus avait été confirmé chez des bovins dans 47 départements. Six nouveaux départements avaient récemment rejoint la liste : Ille-et-Vilaine, Marne, Moselle, Haute-Saône, Tarn-et-Garonne et Corse-du-Sud.
Le fait nouveau le plus important concerne toutefois les petits ruminants. Un premier foyer français associé à des malformations congénitales chez des ovins a été identifié dans l’Oise. Les agneaux concernés présentaient notamment une arthrogrypose et une brachygnathie. Le génome du virus a été détecté par PCR dans des prélèvements d’encéphale.
Cette observation renforce l’hypothèse d’une transmission transplacentaire et d’un impact différé des infections survenues au cours de la gestation. La Plateforme ESA travaille désormais à harmoniser les données recueillies lors des signalements de naissances d’animaux présentant des malformations congénitales.
Suisse : des fœtus bovins positifs et une surveillance réorientée vers les gestations
La Suisse a été le premier pays européen à identifier formellement le virus pendant l’été. L’Institut de virologie et d’immunologie (IVI) l’a mis en évidence le 31 juillet 2026 chez des bovins présentant fièvre, diarrhée et diminution de la production laitière.
Dès le 6 août, Shamonda a ensuite été détecté dans des prélèvements provenant de plusieurs fœtus bovins avortés, provenant de troupeaux différents. L’IVI considère ces résultats comme compatibles avec une transmission transplacentaire susceptible d’entraîner des avortements.
La stratégie de surveillance suisse évolue en conséquence. À partir d’octobre, l’IVI concentrera davantage les analyses sur les avortements ainsi que sur les jeunes animaux faibles ou présentant des malformations.
La Suisse a également identifié le virus dans le cerveau de deux chevaux présentant des troubles du système nerveux central. L’IVI estime qu’une association est probable, tout en soulignant que des investigations supplémentaires restent nécessaires.
Allemagne : deux introductions distinctes et plusieurs espèces infectées
L’Allemagne a joué un rôle déterminant dans la caractérisation génétique de l’épisode.
Le premier variant, désormais appelé SHAV-EU1, circulait principalement dans le sud du pays, en Suisse et en France. Le séquençage d’échantillons provenant de Rhénanie-du-Nord-Westphalie, de Basse-Saxe, de Hesse et de Thuringe a ensuite permis d’identifier un second variant, SHAV-EU2. Les différences observées sur les trois segments du génome conduisent le FLI à privilégier l’hypothèse de deux événements indépendants d’introduction et de diffusion.
L’Allemagne a par ailleurs confirmé la sensibilité de plusieurs espèces. Outre les bovins, le virus a été détecté chez des ovins, des caprins, un alpaga et un cheval. Le cheval concerné avait développé des troubles neurologiques avant sa mort et présentait une charge virale élevée dans le cerveau. Cette observation ne suffit pas encore à définir précisément le rôle de Shamonda dans les manifestations neurologiques, mais elle constitue un signal inhabituel par rapport au virus de Schmallenberg.
Belgique : 52 troupeaux wallons positifs et premiers fœtus bovins infectés
La Belgique fournit l’une des informations les plus importantes de cette fin septembre.
Au 23 septembre, plus de 250 troupeaux wallons avaient fait l’objet d’envois de prélèvements pour suspicion et l’infection avait été confirmée dans 52 troupeaux, selon l’ARSIA.
Surtout, le virus a désormais été détecté chez des fœtus bovins avortés en Wallonie. Pour l’ARSIA, ces résultats confirment la possibilité d’une infection fœtale lorsque la mère est infectée pendant la gestation.
Les conséquences envisagées comprennent avortements, mortinatalités, arthrogrypose, anomalies du système nerveux et naissance de jeunes animaux faibles ou présentant des troubles neurologiques ou locomoteurs. Les périodes précises de gestation les plus sensibles restent cependant à déterminer.
L’ARSIA a parallèlement validé un nouveau « kit Simbu » PCR, destiné à rechercher simultanément les deux variants de Shamonda-Europe actuellement identifiés en Wallonie et le virus de Schmallenberg.
Pays-Bas : les deux variants circulent et un veau malformé était positif
Les Pays-Bas constituent un autre point important de l’épisode européen.
Les analyses de Royal GD ont démontré la présence simultanée des deux variants européens. SHAV-EU1, proche du virus circulant en France, en Suisse et dans le sud de l’Allemagne, avait initialement été détecté chez un bovin. SHAV-EU2, apparenté au variant identifié dans le nord de l’Allemagne, avait déjà été retrouvé chez plusieurs bovins dispersés sur le territoire néerlandais.
Royal GD a également détecté Shamonda chez un veau nouveau-né présentant des anomalies congénitales. Cette observation est compatible avec l’hypothèse d’une infection intra-utérine mais, à elle seule, elle ne permet pas encore d’attribuer formellement les malformations au virus.
Luxembourg : une circulation homogène et deux variants détectés
Le Luxembourg a confirmé ses premières infections le 25 août 2026. Lors des premières investigations, 13 des 20 exploitations bovines suspectes testées étaient positives.
La mise à jour du 15 septembre montre une diffusion nettement plus large. Parmi 41 exploitations suspectes, 24, soit 59 %, avaient des prélèvements groupés positifs. À l’échelle individuelle, 72 animaux sur 102 testés étaient positifs. Les autorités luxembourgeoises décrivent une distribution géographique homogène du virus dans le pays.
SHAV-EU1 est prédominant, mais SHAV-EU2 a également été détecté ponctuellement. Aucun avortement ou cas de malformation attribué au virus n’avait encore été signalé au Luxembourg à cette date.
Autriche : le virus s’est diffusé dans presque tout le pays
En Autriche, Shamonda a été identifié pour la première fois au cours de l’été 2026. Au 23 septembre, la Landwirtschaftskammer indiquait que le virus s’était désormais propagé dans presque tous les Länder autrichiens.
La situation reste difficile à quantifier précisément en raison de l’absence d’un système européen harmonisé de déclaration. Les autorités agricoles autrichiennes insistent désormais également sur les conséquences possibles de l’infection pendant la gestation, notamment les avortements et les malformations congénitales.
Liechtenstein : une détection précoce dès le mois d’août
Le 13 août, l’IVI suisse a confirmé la présence de Shamonda chez des bovins du Liechtenstein. Cette détection avait constitué l’un des premiers signes de l’extension géographique du virus vers l’est de la zone initialement touchée.
Italie : premiers cas confirmés chez des vaches laitières
La présence du virus en Italie a été confirmée dans des élevages de vaches laitières du nord du pays.
Selon une information du ministère italien de la Santé relayée le 17 septembre, Shamonda avait été détecté au mois d’août dans des élevages situés dans les provinces de Trente et de Bolzano, ainsi que chez certains bovins introduits en Italie depuis la France. La confirmation officielle des premiers cas italiens est intervenue le 31 août.
Comme dans plusieurs autres pays, l’infection n’est pas une maladie listée par la réglementation sanitaire européenne et ne fait donc pas l’objet de mesures officielles obligatoires de surveillance ou de contrôle.
Espagne : SHAV-EU1 confirmé dans sept élevages bovins
L’Espagne fait partie des pays les plus récemment touchés.
Le 22 septembre 2026, le Laboratoire central vétérinaire d’Algete a confirmé la présence de SHAV-EU1 dans sept exploitations bovines des provinces de Cordoue et de Tolède. Les bovins concernés présentaient des signes similaires à ceux décrits ailleurs en Europe : fièvre, diarrhée et diminution de la production laitière.
Le ministère espagnol de l’Agriculture confirme par ailleurs que les bovins constituent actuellement l’espèce dans laquelle la maladie clinique est la mieux caractérisée. Les ovins et caprins peuvent également être infectés, tandis que des détections ont été rapportées chez des équidés présentant des troubles neurologiques, sans qu’une relation causale soit systématiquement démontrée.
Jersey : le virus atteint les îles Britanniques
Le développement européen le plus récent concerne Jersey.
Le 24 septembre, l’Animal and Plant Health Agency britannique a annoncé la détection du virus chez des bovins de l’île. Les prélèvements avaient été réalisés en août sur des animaux présentant des signes cliniques compatibles avec ceux observés ailleurs en Europe.
Cette découverte confirme désormais la présence de Shamonda dans les îles Britanniques et à proximité immédiate de la Grande-Bretagne. L’APHA souligne également que des avortements ont été documentés chez les bovins infectés et que les infections pendant la gestation pourraient conduire à des anomalies congénitales, comme pour d’autres virus du sérogroupe Simbu.
Le Portugal renforce sa surveillance
À la date du 26 septembre, la direction générale portugaise de l’Alimentation et de la Médecine vétérinaire indique que Shamonda a été détecté dans plusieurs pays de l’Union européenne et appelle à renforcer la surveillance clinique et le signalement des suspicions en tant que maladie émergente.
La page officielle portugaise ne fait toutefois pas état, à cette date, d’une confirmation d’infection autochtone comparable aux foyers documentés en Espagne, en France ou en Italie.
Le point de surveillance se déplace vers les gestations
Deux mois après les premières identifications européennes, la perception de Shamonda a sensiblement évolué.
Chez les bovins adultes, l’infection reste principalement associée à un syndrome aigu et généralement transitoire : fièvre, diarrhée, abattement, diminution de l’ingestion et baisse parfois importante de la production laitière. Une première étude française portant sur neuf exploitations avait ainsi rapporté des diminutions de production laitière comprises entre 15 et 75 % dans les troupeaux étudiés.
Mais les données accumulées en septembre déplacent désormais l’attention vers l’infection des femelles gestantes et ses conséquences sur le fœtus.
La présence de Shamonda dans des fœtus bovins avortés est documentée en Suisse et en Belgique. En France, le virus a été retrouvé dans l’encéphale d’agneaux présentant des malformations congénitales. Aux Pays-Bas, un veau nouveau-né présentant plusieurs anomalies était également infecté.
Ces observations correspondent au comportement biologique déjà connu chez plusieurs orthobunyavirus du sérogroupe Simbu, notamment les virus de Schmallenberg et d’Akabane, capables d’infecter le fœtus après une infection maternelle.
Il reste cependant impossible, au 26 septembre, de quantifier la fréquence réelle des avortements et des malformations attribuables à Shamonda, ou de définir précisément les périodes de gestation pendant lesquelles le risque fœtal est maximal.
La diminution saisonnière de l’activité des Culicoides devrait progressivement réduire les nouvelles infections vectorielles au cours de l’automne. Elle ne marquera pas nécessairement la fin de l’épisode 2026. Les conséquences d’infections contractées pendant l’été peuvent n’apparaître que plusieurs semaines ou plusieurs mois plus tard, lors d’un avortement ou d’une mise bas.
La surveillance de l’automne et de l’hiver 2026-2027 sera donc déterminante pour mesurer l’impact réel de cette émergence : fréquence de la transmission transplacentaire, importance des pertes reproductives, types de malformations observées et éventuelles différences entre SHAV-EU1 et SHAV-EU2.
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