Détection du virus H5N1 chez un chat et des rats lors d'une épidémie de grippe aviaire dans un élevage de basse-cour en Illinois

Une épidémie de grippe aviaire hautement pathogène A(H5N1) qui a décimé un élevage de volailles de basse-cour en Illinois a été accompagnée d'infections mortelles chez un chat domestique et des rats vivant sur le même terrain. L'analyse génomique a révélé une forte parenté entre les virus prélevés chez le poulet, le chat et le rat, soulevant de nouvelles questions quant au rôle des petits mammifères à l'interface volaille-mammifères.

L'épidémie s'est déclarée en mars 2025 dans une petite ferme du sud de l'Illinois, à environ trois kilomètres d'un grand réservoir situé le long de la voie migratoire du Mississippi. L'exploitation abritait 105 volailles, ainsi que des bovins, 15 chats et deux chiens. En peu de temps, 100 des 105 volailles sont mortes. Les analyses ont confirmé la présence du virus H5N1 hautement pathogène de clade 2.3.4.4b.

Présence du virus chez le chat et le rat

Un chat domestique à poil court de 13 ans et un rat sauvage ont été retrouvés morts dans une ferme. Le virus H5N1 a été détecté chez les deux animaux. Des tests PCR complémentaires ont révélé une infection systémique particulièrement étendue : les 12 tissus testés chez le chat étaient positifs, tandis que 11 des 15 tissus prélevés chez le rat contenaient de l’ARN viral de la grippe A. Les charges virales les plus élevées chez les deux espèces ont été observées dans le cerveau.

Des prélèvements nasaux et trachéaux étaient également positifs chez les deux animaux. De l’ARN viral a été détecté dans les selles du chat et dans l’urine, les reins et plusieurs autres tissus du rat. La détection du virus H5N1 dans l’urine du rat est notable car elle soulève la possibilité d’une transmission environnementale par urine contaminée, bien que l’étude n’ait pas démontré que cette voie de transmission soit effective.

Infection neurologique confirmée

L'examen histopathologique a révélé une pneumonie broncho-interstitielle et une méningo-encéphalite non suppurée chez le chat. L'antigène du virus de la grippe a été détecté dans les cellules épithéliales des voies respiratoires et fortement exprimé dans les neurones et les cellules gliales du cerveau.

Le rat présentait également une encéphalite, une myocardite et la présence d'antigène viral dans les neurones, ainsi qu'une bronchopneumonie bactérienne sévère.

Ces résultats confirment que les infections n'étaient pas des détections fortuites : le virus s'était disséminé dans tout le système nerveux et avait envahi le système nerveux central.

Les virus de la volaille, du chat et du rat étaient presque identiques

Le séquençage du génome entier a montré que les virus du poulet, du chat et du rat étaient étroitement apparentés et appartenaient au génotype D1.1.

Les trois souches présentaient la mutation PB2 E627K, une modification associée à une meilleure réplication des virus de la grippe chez les mammifères. Deux substitutions d'acides aminés supplémentaires ont été observées chez les virus du chat et du rat, mais pas chez celui du poulet.

La similarité génétique observée est compatible avec une transmission inter-espèces locale durant l'épidémie, bien que la voie de transmission précise ne puisse être reconstituée à partir des données disponibles.

Les rats pourraient représenter un maillon négligé de l'écologie du H5N1

Cette étude est particulièrement importante pour la biosécurité en élevage. Les rats sont fréquents aux abords des élevages de volailles et de bétail, s'attaquent aux oiseaux et sont fréquemment en contact avec des aliments, de la litière et des carcasses contaminés. Les auteurs suggèrent que les rongeurs pourraient potentiellement jouer le rôle d'hôte intermédiaire entre les oiseaux infectés et d'autres mammifères sensibles.

L'étude ne démontre pas de transmission inter-rats soutenue ni ne prouve que les rongeurs constituent un réservoir important du virus H5N1. Elle montre cependant que les rats infectés naturellement peuvent développer une infection généralisée et potentiellement excréter du matériel viral.

Ces résultats ajoutent une composante supplémentaire chez les petits mammifères à l'écologie croissante du clade 2.3.4.4b du virus H5N1 et soulignent la nécessité d'inclure les chats et les rongeurs dans les enquêtes sur les foyers d'infection chez les volailles, en cas de maladie ou de mortalité inexpliquée chez les mammifères.

Étude : Storms SM, Rathmann J, Hemker L, Vieson M, Wang L. Detection of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1) Virus in Cat and Rats during Outbreak in Backyard Poultry, United States, 2025. Emerging Infectious Diseases. 2026 ; 32(10).